На Ducati 1098 установлен двигатель образца 2007 года — L-образная «двойка» жидкостного охлаждения Testastretta Evoluzione. По сравнению с прежним 1000-кубовым агрегатом переработано все: цилиндры, головки цилиндров, картерные детали. Это позволило облегчить мотор на 5 кг. Рама тоже полегчала на 1,5 кг, при этом ее жесткость возросла. Подвески — полностью регулируемые, марки Showa на базовой модели и Ohlins на модификации 1098S. В задней подвеске применен маятник с консольным креплением колеса, уникальны тормоза Brembo с моноблочными скобами. Колеса — Marchesini, литые для базовой модели и кованые для версии 1098S. Еще одна особенность версии S — встроенная система сбора данных, позволяющая переносить данные в компьютер.